Скорее всего, оно так и ляжет.
В обычных, несовмещённых, картах при вносе суммы, превышающей задолженность, автоматически открывается депозитный счёт и остаток попадает на него. С этого счёта деньги спишутся при погашении очередной задолженности, когда она возникнет.
Здесь, конечно, такое тоже может быть, но маловероятно. Скорее всего, остаток действительно просто ляжет на дебетовый СКС.